내년부터 법인세 부과 대상…혜택 수준 두고 ‘논란’

법인화를 앞둔 서울대가 세금 문제라는 ‘복병’을 만났다.

서울대는 국가 지원과 국립대 지위가 그대로 유지되는 점을 강조해 사립대보다 높은 수준의 조세상 특례가 이뤄지기를 기대하지만, 형평에 어긋난다는 지적도 있어 논란이 예상된다.

18일 서울대와 관계 정부부처에 따르면 서울대는 내년 법인 전환을 앞두고 국립대학법인에 대한 조세특례 규정이 국회를 통과될 수 있도록 관련 부처와 협의하고 있다.

국가기관인 서울대는 정부회계를 적용받고 국유재산을 사용하기 때문에 그동안 별도로 세금을 낼 필요가 없었다.

그러나 내년 출범하는 ‘국립대학법인 서울대학교’는 국가기관을 벗어난 독립법인이기 때문에 법인세와 재산세 등 각종 세금의 부과 대상이 된다.

수조원대의 국유재산을 무상 양도받는 서울대는 법인 등록세 추정액만도 70여억원에 달하는 것으로 알려졌다.

법인으로 전환하는 국립대는 서울대가 실질적으로 첫 사례여서 사립대가 아닌 국립대 법인이 조세 혜택을 받으려면 조세특례제한법 등 관련법의 개정이 필요하다.

기획재정부와 행정안전부 등 관련 부처는 서울대의 요청에 따라 국립대 법인에 대한 조세 특례 문제를 검토하고 있다.

현재 사립대를 대상으로 하는 각종 조세상 혜택은 서울대에도 무리없이 적용될 것으로 기대된다.

사립대학은 비영리법인 혜택 조항과 각종 특례 조항 덕에 현재 교육·연구 등 고유목적 분야와 관련해서 법인세와 지방세 등을 감면받고 있다.

서울대는 이와 더불어 추가적인 배려를 기대하고 있다. 법인화가 되더라도 정부 지원이 계속되며 국립대 지위와 공익적 책무 역시 그대로 유지되기 때문이다.

서울대 본부 관계자는 “최근 개정한 고등교육법이 규정하듯 법인화된 서울대는 국립대 지위를 그대로 유지한다”며 “법인 전환 후에도 서울대의 역할과 책무는 기본적으로 달라지는 것이 없으므로 그에 걸맞은 조세 혜택이 주어져야 한다”고 말했다.

반면 국립대 법인에만 과도한 조세 혜택을 주는 것은 형평에 어긋날 수 있다는 지적도 있다.

한 정부 관계자는 “서울대가 법인으로 전환하는 목적은 국가기관으로서 받던 각종 제약에서 벗어나 자율성을 획득하려는 것”이라며 “조세는 그에 뒤따르는 책무라고 볼 수 있다”고 말했다.

국립대 법인 조세 특례와 관련한 법 개정 논의는 다음달 시작하는 정기국회에서 이뤄질 전망이다.

연합뉴스